新世学園の女子たちの静かな喧噪は、謎めいた超自然的存在を中心に回っている。この存在はボーギーポップで、死神として人々の美しさが頂点に達した瞬間に彼らを斬ると囁かれる。ほんの一握りしかその真実の役割を理解していない――眠る間に高校生の宮下通香という姿になり、「世界の敵」を退ける守護者だ。学校では単なる逃亡と見なされていた一連の不可解な失踪が、ボーギーポップを覚醒させた。しかし、古い石の廊下や揺れるランタンの間で、闇に潜む邪悪な生物が待ち構えている。ボーギーポップは笑わずに、人間と時間感覚の結びつきを微妙に探り、真夜中の静寂と古代の物語の囁きの中で、登場人物たちの複雑な関係・感情・記憶・歴史を掘り下げ、世代を超えて響き合うものとして結びつけている。
