После ожесточённого столкновения, которое стоило многих жизней, человечество наконец победило Годзиллу — существо, которое оттолкнуло людей с Земли двадцать тысяч лет назад. Однако зверь, убитый силами Харуо Сакаки, не был одиноким; ещё одна Годзилла оставалась на Земле и всё ещё не была побеждена. Сильно раненый после первой встречи, Сакаки просыпается в жилище молодой девушки из племени Хоута. Племя Хоута, поразительно похожее на людей, эволюционировало так, чтобы выживать в изменённом климате планеты задолго после её покидания. Их культура пронизана мифами о стойкости, и они научились использовать скудные ресурсы планеты с изобретательностью. С почти исчерпанными запасами, выжившие члены элитного отряда Сакаки борются с вопросом: оставить ли миссию и планету или столкнуться с невероятной битвой. Но надежда остаётся, поскольку инопланетяне Билусалудо находят фрагменты своего антивойского оружия против Годзиллы, Мехагодзилла. Даже вооружённые этим мощным оружием победа кажется недостижимой: Годзилла потратила века на адаптацию и подготовку к разрушению любого соперника. Им предстоит выбрать: отступить или встретиться с титаном, зная, что каждое решение может решить судьбу человечества.
