Аинз Оуал Гаун, ранее известный как Момонга и теперь некромаг-нежить, принял свою роль в этом незнакомом мире. Хотя он отзывается о любимой VR‑игре Yggdrasil, перед ним остаётся бесчисленное множество загадок, которые он намерен решить, используя свою власть как суверена Великого гроба Назарика. Однако после серьёзного инцидента с контролем разума, в котором участвовал один из его лейтенантов, Аинз становится осторожнее относительно надвигающихся угроз со стороны Теократии Слейн и возможного присутствия других ветеранов Yggdrasil. В то же время Албэдо, Демиург и остальные преданные защитники начинают подготовку к своему следующему шагу: первой битве Назарика… на обширном континенте, охватывающем все царства и даже дальше.
Overlord II продолжается после своего предшественника, следуя за Аинзом Оуал Гауном, армией античеловеческих стражей и людьми, пострадавшими от их прибытия.