Суигин Рику — школьник и страстный геймер, обучающийся в известной частной академии Шинрю, учреждении, предназначенном для привилегированных и потомков состоятельных семей. Однако термины "богатый" или "обеспеченный" не подходят к Суигину; он на самом деле беден и вынужден совмещать несколько подработок, чтобы оплатить обучение. Пока он работает на одной из этих работ, он бросается в бассейн, чтобы спасти свою любимую кошку, полностью осознавая, что не умеет плавать. К счастью, его спасает Рей Рику, яркая и популярная дочь разработчика игр, и он мгновенно влюбляется в неё.
Он также заинтересовывается другой девушкой: новой знакомой, которую встречает в Dungeon Century, своей любимой онлайн‑RPG. Когда игра планируется закрыть, он понимает, что их совместные приключения скоро закончатся. На следующий день после закрытия он обнаруживает, что Рей и эта онлайн‑дружка на самом деле одна и та же. Вскоре после этого Рей предлагает Суигину новую игру, предназначенную заменить Dungeon Century — охотничью по гробницам игру под названием Grave Buster. Когда Рей внезапно похищают, Суигин погружается в Grave Buster, чтобы спасти её.
Gin no Guardian повествует о Суигине, который исследует Grave Buster в поисках Рей, раскрывая скрытые тайны внутри игры.
