Верь, что в твоём сердце хранится настоящий заклинание! — так шептала Шайни Чароит, знаменитая ведьма и идол Акко Кагари, во время выступления много лет назад. С того момента Акко преследует эти слова, мечтая стать ведьмой, способной распространять радость так же, как Шайни. Несмотря на отсутствие магического происхождения, она всё равно подала заявку в Луна Нова Магический Академию.
Но когда восторженная Акко наконец отправляется в новую школу, путь оказывается далёким от лёгкого. После опасного путешествия она встречает застенчивую Лотте Янсон и саркастичную Сакси Манбавар. К её великому восторгу она также находит волшебную палочку Шайни Чароит, легендарный Копьё Света, которое она заявляет как своё. К сожалению, жизнь в Луна Нова оказывается гораздо более требовательной, чем Акко представляла. Она отказывается быть затенённой одноклассниками, особенно своей самоуверенной соперницей — великолепной и талантливой Дианой Кавендиш. Решимость становится её щитом против безрассудных выходок и магических неудач.
В период, когда колдовство ослабевает, "Маленькая ведьма академия" описывает Акко и её спутников, открывающих истинный смысл быть ведьмой. Сериал демонстрирует, как обычное мужество может возродить угасающий искусство, заклинание за заклинанием. Их приключения вдохновляют надежду в каждом уголке академии, распространяя свет.