После того как провела год в Соединенных Штатах, Курису Макисе возвращается в Акихабару и вновь связывается с Ринтаро Окабе. Однако их встреча внезапно прерывается, когда Окабе начинает видеть повторяющиеся вспышки альтернативных временных линий — последствия его экспериментов с путешествиями во времени. Эти побочные эффекты в конечном итоге заставляют Окабе исчезнуть из существования, оставив только потрясенную Курису с любыми воспоминаниями о нем.
В глубинах отчаяния Курису сталкивается с трудной дилеммой, которая проверяет её научный долг и личную преданность. Ей предстоит решить, следует ли послушать предупреждение Окабе и воздержаться от путешествий во времени, тем самым защищая линии миров, или же нарушить его совет, чтобы спасти того, кого она ценит. Любой выбор отразится на прошлом, настоящем и будущем. Её решение сформирует судьбу бесчисленных жизней, заставляя её взвешивать личные чувства против хрупкого баланса времени и вечной ткани вселенной.