Страж камфора начинается с Рейто Наои, молодого человека в начале двадцатилетнего возраста, внезапно уволенного с работы без причины. Разозленный и движимый жаждой мести, он пытается украсть дорогой гаджет из своего бывшего места работы, но план проваливается и его арестовывают.
Во время заключения Рейто получает неожиданную встречу с юристом, который предлагает освободить его при условии выполнения желаний клиента адвоката. Не имея других вариантов, Рейто соглашается и вскоре узнает, что клиент – его тётя. Когда он признаётся ей, что у него нет направления, она выносит приказ: "Твоя задача – защищать камфоровое дерево".
Так начинается руководство Рейто над священным камфоровым деревом, расположенным на территории храма, дерево окутанное загадочной легендой. Его древняя кора несёт шепчущие обещания вечной защиты.