Пять лет назад загадочные пузырьки, игнорировавшие гравитацию, упали с неба над Землей. После мощного взрыва неизвестной причины Токио стал эпицентром, его улицы запечатаны внутри колоссального пузыря. Это событие, названное "Падением пузырей", погрузило бывшую столицу в океан, искажающий гравитацию; власти объявили его запрещенным, а жители бежали.
Теперь дети, оставшиеся без дома после Падения пузырей, незаконно занимают руины Токио, участвуя в опасных состязаниях паркура по разрушенным сооружениям. Хибики — одарённый гений, умеющий прыгать между пузырями — утверждает, что слышит эхо от Токийской башни. Поглощённый решением её загадок, он направляется к источнику, но погружается в затопленные глубины.
Таинственная девочка, которую позже он назовет Ута, спасает его. Однако Хибики остаётся неосведомлённым о том, что присутствие Уты раскроет правду о катастрофе, которая преобразила их мир.
