数十年が経った頃、古学園を悩ますすべての幽霊は、一人の生徒によって追い払われた。今、彼らは戻ってきて復讐を求める。三月と慶一郎宮野下は、母の死をまだ悼み続ける兄弟であり、彼女の生まれ故郷へ引っ越す。そこで彼らは、新しい学校が何世紀も前から存在し、幽霊に取り憑かれているという噂の古い建物であることを知る。彼らの到着は、最も懐疑的な人でも不安にさせる奇妙な出来事と重なる。最初はその話を単なる迷信だと見なすが、やがて幽霊は実在し、自分たちを狙っていることに気付く。猫とともに、かつて霊を封じた消えた生徒についての手がかりを掘り起こす。『学園の怪談』は、兄弟と新たな仲間が学校の幽霊と戦い、忠実な猫に助けられながら進む様子を追う。そして迫り来る脅威に直面する。
