新学期の始まりに、夜山北中学校3‑3組は転校生を迎えた。坂木原光一は、未知の病気から回復するために最初の1か月を病院で過ごし、廊下へ戻った。教師とクラスメートは好奇心と慎重な楽観で彼を迎え、彼が不在によって乱れた日常にすぐに馴染むことを願った。
病院での滞在中、光一は三崎美咲という少女に出会った。彼女は片目にアイパッチをつけ、内向的で異世界のように見えた。彼が戻ったとき、他の生徒はほとんど彼女に気づかなかった。彼らは彼女を幽霊だと囁き、存在しないものから離れるように警告した。彼女の顔は光一の心に残った。
クラスメートの警告にもかかわらず、光一は美咲を追い求めた。彼はカフェテリアや校舎で彼女に会い、最終的には彼女が初めに語った以上のことを知るほど話し合った。美咲は自分がただの患者ではないと告白し、3‑3組を悩ませる闇の歴史を知っており、自分の存在が周囲に深い危険をもたらすことを恐れていた。
3‑3組の元生徒が亡くなったことで、学校の記憶に消えない傷を残したという噂が渦巻いた。詳細は黙らせられ、誰も光一にそれを語ろうとはしなかった。まるで真実そのものが禁じられているかのように。彼が尋ねるほど、クラスメートは闇の沈黙でより回避的になった。
光一の好奇心は、3‑3組のすべての生徒に付きまとうような呪いを調査する中で執着へと変わった。彼は年鑑を夜通し読み、元教師から囁かれる噂やロッカーに刻まれた過去の悲劇を示す傷跡を調べた。彼が発見した手掛かりはすべて美咲に向けられ、彼女と日々を悩ます闇との冷たい結びつきを示唆した。
謎が深まるにつれ、彼らの周囲で説明できない出来事が次々と起こった。夜になるとライトがちらつき、影は無源で動き、恐怖が学校全体に広がった。光一、美咲、そしてクラスメートは、世代を超えた沈黙の下に埋もれた超自然的真実と向き合わざるを得なかった。完全な物語を明らかにするには、彼らは重い代償—魂さえも消費しそうな恐ろしいものを払わねばならない。
