F.E.A.R.（ファーイースト・アミューズメントリサーチ株式会社）の同名ゲームをベースに。赤い月が空に昇ると、闇のクランが人間界へ侵入する。闇から解放される唯一の力…彼らは忘れ去られていた。戦闘で魔法を使った者たち…彼らは『闇の夜のマギ』、夜の魔術師として知られている。ヒイラギ・レンジは、闇の勢いから世界を守ることが使命である夜の魔術師の一人だ。彼の最後の命令は、アカデミーの新入生であるシホ・エリスを守ることだった。やがてエリスは、七つの秘密の石の一つの力を持っていることに気づき、その力で夜の魔術師になることができると悟った。レンジとクレハとともに、エリスは新しい人生を始める。
