シンジ・マサキは謎めいた派閥に捕らえられ、ゲミナールの領域へと運ばれた。帰還を確保するため、彼は新たに即位したシュトラユ領域の皇后、ラシャ・アース XXVIII を撃退する手助けを約束し、聖なるメカノイドと呼ばれる巨大機械の操縦を引き受けた。
彼女の軍勢が攻撃を退ける中、ラシャはシンジの腕前に目覚め、攻撃者を生きたまま捕らえるよう命じる。しかし、操縦者が男性であることを知り（ゲミナールでは稀な事態）、彼女は殺すのは無駄だと判断し、シンジを個人的な助手として任命した。
皇后の下で務めるようになったシンジは、ラシャを聖なる土地へと護衛しなければならない。そこは聖なるメカノイド操縦者が技術を磨く訓練場だ。彼の存在は注目を集めるが、学園内で進行中の暗い陰謀――世界的な紛争を引き起こす可能性のあるもの――には気づかない。
学園は訓練を隠し、帝国を弱体化させようとするカバルを抱えている。
シンジの到着は、ゲミナールとそのライバルたちとの間に存在する均衡を崩す事件を引き起こす可能性がある。
