全てを飲み込むアラガミの手により絶滅の危機に瀕する人類は、荒涼と雪に覆われたツンドラの中で孤立した抵抗拠点を固守している。通常の被害には免疫があるため、アラガミを構成する物質そのものから作られた武器―オラクルセルと呼ばれる―だけがこれらのモンスターを倒すことができる。
しかし、ほぼ神のような適応力のおかげでアラガミは迅速に追加の抵抗を獲得する。実行可能な防御策が他にない中、生存した人間国家は原子力発電所を爆破し、ユーラシアを脅かす獣を根絶することを決意した。
この危険な任務に割り当てられた部隊は、フェンリル・ファーイースト支部（日本の残存を統治する組織）から派遣された三人のゴッドイーターによって支援される。モンスターに対抗するために設計された最先端の兵器「ゴッドアーク」を装備したこれらの戦士は、アラガミの皮膚を貫き、その核を切断し、獣を粉砕すると言われている。これらの強力なチャンピオンは、人類にとってアラガミ脅威に対する最後の防衛線となり、人類の絶滅を防ぐ可能性がある。
