イナズマエレヴンゴ：クロノストーンは、ホーリロードサッカートーナメントを追った物語です。現在のヒーロー、松風天馬は、日本全国を旅しながら子どもたちにサッカーの愛を広めてきました。任務を終えた後、彼は再びライモン中学校に戻りますが、学校は変わっていました。サッカー部は消え、かつてホーリロードトーナメントのチャンピオンチームを結成した生徒たちは、試合や天馬自身の存在すら覚えていません。混乱した彼は、ルートエージェントのリーダーでありプロトコルオメガのキャプテン、アルファに対峙します。アルファはライモンでのサッカーへの情熱と選手たちの記憶を消し去った責任者だと主張します。アルファは今、天馬を標的にしています。その瞬間、フェイ・ルーンという謎の少年が現れ、彼を救います。フェイとは誰で、アルファはなぜサッカーを完全に根絶しようとするのか？天馬は全力で戦わなければならないことを悟ります。結果はサッカーの未来を永遠に決定づけるかもしれません。
