2167年、近くの星ハイドラス・ベータの超新星から放たれた強烈な放射線の爆発が地球を破壊し、数百万人を殺害した。2356年までに、人類は団結して世界を再建し、次なる超新星の襲撃に備えるようになった。
惑星を将来の危機から守るため、太陽系全体にファウンデーションが設立された。学びと探検の拠点として機能するその一つ、ステルヴィアは、母親の反対を顧みず研修生として入学し、宇宙を目撃したいと願う加瀬志摩を惹きつけた。
ステルヴィアで、加瀬は操縦技術を磨きつつ、地球を迫る波から守る任務への選抜を目指す。訓練に苦しみながらも、彼女は徐々に人類を守る力を備えた人物へと成長していく。ファウンデーションのカリキュラムは物理学とサバイバル戦術を融合させ、メンターが見習いに熟達へ導く。第二波が近づく中、加瀬の決意は致命的な放射線爆発を模したシミュレーションによって試され、地球の破滅から守る艦隊を指揮するリーダーへと鍛えられる。
