学識豊かな長千寺明彦にとって、存在の謎は厳密な論理によって解き明かされるものだ。彼が東京都立三戸川高校で日本語講師の職に就くと、他者を助ける熱意が度々失敗につながる元気な少女、草薙カンナと出会う。カンナが仲間の一人が幽霊に呪われていることを知ると、彼女は夜遅くにキャンパスを調査することを決意し、やがてその幽霊は実際には明彦だったと悟る。彼が働く禁書で溢れた隠し部屋をクラスメートに明かすことをためらい、長千寺はカンナが一人でその霊を追い払ったという話を広めることにする。
カンナの不満に反して、彼女は同級生から超常現象の達人とみなされ、多くの奇妙な事件を調査するように迫られる。だが彼女は教師の長千寺に支えられており、厳格な人物であるにもかかわらず、合理性が迷信を打ち勝つことを証明し続ける。彼の揺るぎない信念は学生と教職員双方に刺激を与え、恐怖よりも懐疑心が尊重される文化を育み、日常的な批判的探求を奨励する。
