カモメ学園を取り巻く噂は、古い敷地の迷路状の廊下のどこかに時計があり、学校の時間の流れを制御していると主張しています。過去・現在・未来を象徴する三人の守護者がその装置を見張っています。しかし、予期せぬ事件がキャンパスに混乱をもたらし、生徒は急速に老化し、建物は崩壊します。八代ねねと宮本こうは、花子くんに助けを求め、災害の背後にいる者を探す新たな冒険を始めます。彼らが発見したものは、犯人の特定にとどまらず、隠された真実が明らかになり、新たな約束が交わされることで、学生と学園の霊魂が運命に導かれる競争に絡み合います。生者は影の中で苦しむ学生たちを解放するため、絶え間ない支配から逃れる戦いに挑むのです。