長らく消滅したと考えられていた忍者たちは、太平洋戦争後の現代日本で再び姿を現した。噂では、これらの致命的なオペレーターは約20万人が現在秘密任務を遂行し、国内の公的・私的セクターの大部分に浸透していると言われている。この中には、何も追い求める意欲がほとんどなく、ぼろぼろのアパートに漂うくらいの暮らしをしている黒羽雲という人物がいる。多くの人は彼を、隣人からビールだけを盗む無力な漂流者だと呼んでいる。しかし、17歳の彼はその怠惰な外見が示す以上に危険である可能性が高い。黒羽雲の隠された技術は、近くの高校に潜入する新たな任務を受けることで試されるが、その仕事には彼の予想を超える展開が待ち受けている。その任務は彼の決意を試し、過去の影と向き合うことを強いることで、彼が想像した運命を明らかにする。
