武蔵がサルワタリ・ミチルを悪魔から解放した後、金巻小次郎は父が上杉一族の一員だったことを知る。自分のルーツを学ぼうと決意し、小次郎と金巻一族の仲間たちは、淡路島の悪魔王・ヤマタノオロチ――地域を脅かす巨大な八頭のドラゴンに対抗する上杉軍のキャンペーンに参加する。
武蔵が上杉連合に加わると、彼は手強い悪魔と戦う現実に直面する。自らの無力さやチームワークの難しさに屈せず、新たな仲間との協力を習得する必要がある。
一方、武蔵の内側にいる黒曜石の女神を狙う『オブシディアン・エイト』という派閥は、再び追跡を燃やし、島の攻撃を妨害する計画を立てる。
彼らの努力は、利益を求めて黒曜石の女神を狙うライバル傭兵たちによって複雑化する。
任務は、各ドラゴンの頭が異なる元素力を体現しているため、武術的な腕前と戦略的洞察力を要求する。
混乱が激化する中、武蔵と彼の仲間たちは、黒曜石の女神を奪おうとする複数の派閥の陰謀を阻止しなければならない。