普通の学生、光月武藤は突然別世界へと連れ去られる。そこでは支配者が彼を召喚し、彼は異常な力を持っていると主張するが、光月は「特殊概念」がないことが明らかになり却下される。落ち込んだ彼はメノウという名の巫女に出会い、彼女から日本人のような自分たちは「ロストワン」と分類され、こうした存在は常に特殊概念を持つと知らされた。
メノウは、放棄されたロストワンが社会に適応できるよう助ける聖域に属していると説明し、彼女の寺院で一晩宿泊させて自分の才能を検証しようと提案する。やがて、彼らは光月の特殊概念が非常に強力で危険であることを悟る。
しかし、メノウは本当にロストワンを助けることを目的としているのか、それとも何か別の、より大きな善のために全く違う目的を持っているのか？
