人類の中で大量消失現象が発生する。レナと新二郎は一緒に姿を消す。この事件の後、独立報道員の北斎孝太郎が謎めいた「消失事件」を調査する。裏で仕組んでいる宇宙人は軍事団体ダークスターに属しており、地球の住民へ「我々の半分を渡せ、あるいは市民の半分を犠牲にしろ…選べ」と警告を放送する。同時に、姿を消したレナと新二郎はダークスターの地球周回船に乗せられる。孝太郎がさらに情報を掘り下げると、ダークスターとSSSPの対立に巻き込まれ、死に直面する寸前になる。クライマックスの決戦で、我々の主人公たちはゴールデンフォートレスに立ち向かう。この巨大メカが都市を破壊する中、ウルトラマン・セブン・タロはゾフィー、ジャック、エースに支援される。最後に六人のウルトラマンチャンピオンが結集する！彼らの合力は希望を灯し、闇に対抗する潮流を変える。共に、人類を脅威から守ることを誓う。
