アメリカ合衆国は、地球を襲った黒い隕石から生まれた寄生種「D2」が到着して以来、混乱に陥っている。D2の音への嫌悪を抑えるため、連邦政府はすべての音楽演奏を禁じる命令を出し、2047年現在でもその法令は施行されている。人類の唯一の防衛手段は、クラシック作品を体現する若い女性「ミュージックアート」と、それらを導く指揮者たちである。
冷静沈着なピアノの名人、朝比奈タクトは、計画外のD2襲撃を受けて指揮者へと転身する。同じ攻撃でアンナ・シュナイダーの妹、コゼットが犠牲となり、タクトはミュージックアート「デスティニー」と出会う。絆を固める決意から、タクト・デスティニー・アンナの三人はシンフォニカ本部へ向かう。
タクトは再び演奏を始めたいという熱意で都市へ急ぎ、彼の情熱は嫌いなモンスターを呼び寄せる。デスティニーの責任感が彼らを危険な遭遇へと導く。D2で満ちた道と数え切れない苦難が待つ中、彼らはニューヨークへの旅を生き延びることができるのか？
