2015年に、中央アジア地域で未確認飛行物体が観測されました。
これらの航空機は後に「ジーイ」と呼ばれ（事故）、既存の軍用機をはるかに凌駕する戦闘力を備えており、さまざまな場所に大きな被害をもたらしました。
それに対抗するため、各国は「ドチリ」という特殊兵器の開発を開始します。
2年後、東京へ向かう艦隊が上海でジーイに攻撃されました。
救命ボートで脱出中、主人公のケイ・ナルタニは赤い戦闘機がジーイに撃ち込むのを目撃します。
しかし、航空機は破壊され、近くの海に墜落します。
投げ出されたパイロットを助けたいと願い、ケイは一人で海に潜り込み、何とか航空機へ到達します。
キャビンに到着すると、彼は装備を身につけたパイロットではなく、繊細で小さな少女を見つけました。
